นักท่องเที่ยวส่วนมากที่มายังเกาะพะงันมักจะเดินทางมาจากกรุงเทพ หรือแม้แต่จังหวัดอื่นก็ล้วนต้องใช้กรุงเทพเป็นทางผ่าน นอกเสียจากจะเดินทางมาจากทางจังหวัดอื่นที่อยู่ทางใต้ลงไปอีก อย่างเช่น ภูเก็ต กระบี่ เกาะพีพี เกาะพยาม ฯลฯ
จากกรุงเทพถึงเกาะพะงันมีระยะทางทางอากาศห่างกัน 450 กิโลเมตร และระยะทางบนถนน โดยใช้ถนนเพชรเกษมเป็นระยะทาง 810 กิโลเมตร
นับเป็นวิธีการเดินทางที่ง่ายที่สุด แต่ก็ราคาแพงที่สุดด้วยเช่นกัน คือการเลือกโดยสารเครื่องบินจากกรุงเทพมาเกาะสมุย แล้วต่อเรือเฟอร์รี่จากท่าเรือพระใหญ่ที่อยู่ใกล้กับเฉวงและสนามบิน หรือจากท่าเรือแม่น้ำและท่าเรือหน้าทอนก็ได้ เพื่อมายังเกาะพะงันที่ท่าเรือหาดริ้นหรือท้องศาลา
ท่าเรือพระใหญ่อยู่ใกล้สนามบินเกาะสมุยที่สุด ใช้เวลาเดินทางราว 5 นาทีโดยรถยนต์ และจากท่าเรือพระใหญ่นี้มีเรือเฟอร์รี่ของบริษัทหาดริ้นควีนเฟอร์รี่ให้บริการพาผู้โดยสารข้ามจากเกาะสมุยไปเกาะพะงันที่ท่าเรือหาดริ้น ซึ่งใช้เวลาเดินทางมาถึงเกาะพะงันประมาณ 50 นาที หากเป็นช่วงฟูลมูนปาร์ตี้ควรจองตั๋วล่วงหน้า